Drugi svjetski rat donio je Glazbi Trsat novi težak prekid. Nakon talijanske okupacije Sušaka 1941. godine, Dom trsatske čitaonice ponovno je pretvoren u vojni prostor, a orkestar se drugi put u svojoj povijesti razilazi. No i tada se pokazuje ista otpornost koja je obilježila i ranije razdoblje. Kapelnik Ivan Matrljan, zajedno sa sinom Veljkom i drugim članovima, uspijeva spasiti arhivu i instrumente, skrivajući ih na tavanu obiteljske kuće i na drugim mjestima. Ta slika spašavanja instrumenata i notnog materijala gotovo je simbolična: čak i kada Glazba ne može javno djelovati, njezin se temelj čuva za budućnost.
Mnogi članovi pridružuju se partizanskom pokretu, a dio njih postaje sastavni dio partizanskih limenih glazbi. Nekolicina glazbenika pogiba, među njima Anton Berner, Franjo Blažević, Ivan Čargonja i Viktor Kreč. Monografija bilježi i to da je velik broj trsatskih glazbenika sudjelovao u glazbi 13. primorsko-goranske divizije te u drugim vojno-partizanskim orkestrima. To znači da tradicija sviranja nije potpuno stala ni u ratu — samo je bila prebačena u druge, iznimno teške okolnosti.
Nakon 1945. slijedi nova velika obnova. Već 1946. Glazba Trsat ponovno počinje intenzivnije raditi. Ivan Matrljan okuplja starije prijeratne glazbenike, vraćaju se iskusni svirači, a polako dolaze i novi članovi. No stanje nije bilo jednostavno. Ratne godine ostavile su prazninu u podmlatku: nije bilo dovoljno mladih svirača, instrumenata ni nastavnika. Zato se velik dio rada ponovno svodi na strpljivu poduku mlađih generacija. Matrljan ispočetka sam nosi velik dio tog tereta, a kasnije važnu ulogu dobiva i klarinetist Rade Ivančević, koji pomaže u obrazovanju novih članova.
Poratno razdoblje donosi i veliku koncertnu aktivnost. Sačuvani očevidnici nastupa svjedoče da je Glazba krajem četrdesetih i u prvoj polovici pedesetih bila iznimno aktivna: sviralo se na akademijama, smotrama, dočecima sportaša i gostiju, otvorenjima škola, domova, vodovoda i drugih javnih objekata, na promenadnim koncertima, zabavama i budnicama. Upravo iz tih godina potječe i snažna potvrda javne uloge orkestra. Glazba Trsat više nije samo društvo koje obnavlja sebe, nego aktivni sudionik poslijeratne obnove grada i regije.
Važan trenutak dolazi 1953., kada uz pomoć općine Glazba otvara internu muzičku školu. Time društvo ponovno sustavno gradi vlastiti podmladak. Nastavu vode glazbenici specijalizirani za različite instrumente, a škola ubrzo daje prve ozbiljne rezultate. U monografiji se posebno naglašava da su gotovo svi članovi Glazbe bili njezini učenici. To je presudno za razumijevanje dugovječnosti orkestra: opstajao je jer je stvarao vlastite generacije svirača.
Godine 1956. obilježava se i 50. obljetnica osnutka. Tada Glazba Trsat broji 47 članova i iza sebe ima snažno poratno razdoblje obnove i rasta. U istoj se godini bilježi niz nastupa, dodjeljuju se priznanja, a društvo potvrđuje da nije samo preživjelo rat, nego iz njega izašlo organiziranije i snažnije. U toj etapi povijesti posebno dolazi do izražaja ono što se kroz cijelu kroniku stalno ponavlja: Glazba Trsat nije opstala zato što je imala lagane okolnosti, nego zato što je svaka nova generacija bila spremna ponovno je graditi.